Aktywne znaczniki mają jedną zasadniczą wadę, mianowicie muszą mieć źródło zasilania. Systemy takie mogą być zasilane z jednej centralnej baterii co wiąże się z koniecznością zastosowania przewodów, które mogą utrudniać ruch i chód badanemu oraz komplikują proces zakładania znaczników na ciało pacjenta. Innym rozwiązaniem jest zasilanie każdego z markerów osobną baterią, to niestety skutkuje zwiększeniem rozmiarów markerów zarówno pod względem wymiarów jak i ich wagi. Nie można tutaj zapomnieć o konieczności ich ładowania. Najgorszym scenariuszem jaki może sobie wyobrazić badacz jest przeprowadzenie wywiadu z pacjentem, przygotowanie go do badania i informacja, że baterie są rozładowane.

Zaletą systemów z aktywnymi znacznikami jest możliwość ich indywidualnego rozpoznawania. Każdy marker w oprogramowaniu może zostać przypisany do określonego punktu anatomicznego czy pacjenta w przypadku rejestracji większej liczby osób w tym samym czasie. Oznacza to prosty sposób obróbki danych czy nawet jej brak oraz otwiera możliwości łatwego pomiaru kilku osób jednocześnie. Nawet jeśli marker wyjdzie z pola widzenia kamer to po powrocie zostanie od razu, automatycznie uznany za przypisany mu punkt anatomiczny.

Optyczna analiza chodu umożliwia także analizę bezmarkerową. Jest to zdecydowanie najwygodniejsze rozwiązanie do analizy lokomocji, gdyż nie wymaga nakładania na pacjenta znaczników.